Bưu điện đầu tiên của Umatilla được thiết lập ngày 26 tháng 9 năm 1851. Thị trấn hiện tại được Timothy K. Davenport thị sát năm 1863, và thị trấn được tổ chức thành thành phố Umatilla Landing năm 1864.

Sự quan trọng xưa nhất của Umatilla là trung tâm phân phối và buôn bán bên Sông Columbia trong cơn sốt vàng thập niên 1860 và thập niên 1870 ở miền đông Oregon. Nó vẫn còn là trung tâm thương mại chính cho đến thập niên 1880.

Kho Hóa chất Umatilla mở năm 1941 để phục vụ Chiến tranh thế giới thứ hai. Nhiệm vụ của kho hóa chất này là cất giữ và duy trì đủ loại hàng quân sự từ mền đến chất nổ. Nhà kho này nhận chứa vũ khí hóa học năm 1962. Từ năm 1990 đến 1994 cơ sở này được tái tổ chức để chuẩn bị từ từ đóng cửa, đưa hết tất cả chất nổ thông thường và dự trữ đến các cơ sở khác. Ngày nay, vũ khí hóa học là những thứ duy nhất vẫn còn chứa tại nhà kho này.